Řídicí systém paletizačního robota zahrnuje především softwarový řídicí systém a hardwarový řídicí systém. Při návrhu moderního paletizačního robotického systému má hardwarový řídicí systém většinou formu modularizace a celková struktura přijímá distribuovanou řídicí strukturu.
Horní počítač využívá běžný průmyslový řídicí počítač, který se zabývá především monitorováním a řízením provozu systému, jako je ovládání výukového boxu, obsluha displeje, transformace souřadnic, automatický výpočet zrychlení a zpomalení atd. Dle požadavku příkazu uživatele a příkazy akčního programu pro plánování trajektorie, interpolační algoritmus a transformaci souřadnic, poloha motoru je vypočítána pro každou osu a přijímá se podle další úrovně signálu zpětné vazby a signálu senzoru, implementace úlohy úsudku a podmínek prostředí a poté dolů servosystém polohy každého kloubu přenáší a nastavené hodnoty odpovídající aktualizaci polohy, k realizaci koordinace a řízení pohybu každého kloubu.
V rámci stroje přijímá DSP řadič a PLC programovatelný logický řadič, DSP řadič je přijat PMAC104 pohybovými kartami CARDS, hlavně má provádět výpočet kinematiky v reálném čase, plánování trajektorie, výpočet interpolace, servořízení atd., neustále číst každý pulz kodéru hřídele množství, výpočet aktuální polohy robota a softwarová metoda je porovnána s daným místem, odchylka je upravena pomocí PID a PLC se zabývá především řízením periferního zařízení robota, jako je ruční pneumatická přísavka robota, monitorování různých okolních dopravníků atd.